當(dāng)溶劑與流動相起始有機(jī)相比例有差異時，在不同儀器上會呈現(xiàn)出不同的檢測效果。

圖中為同一個項目在兩臺不同儀器上的檢測效果。該項目的溶劑為50%乙腈，流動相起始比例為25%乙腈。圖1為在柱前管路內(nèi)徑較大的儀器上的效果圖，圖2為內(nèi)徑管理較細(xì)的儀器上的效果圖。較大的管路內(nèi)徑使樣品在進(jìn)柱子前得到充分的混合，消除了溶劑效應(yīng)，呈現(xiàn)比較好的峰型。這種有溶劑效應(yīng)的項目，可以通過使用較粗的管線的儀器，或降低進(jìn)樣量的方法來解決，當(dāng)然，更加保險的方法就是把樣品溶劑更換后與初始流動相極性更為接近的溶劑。

進(jìn)樣量過大，進(jìn)樣閥-色譜柱-檢測器之間、檢測池、接頭體積大，都會引起柱外效應(yīng)，導(dǎo)致峰型異常。因此，這類樣品，在方法中需對儀器的要求更加詳細(xì)。

緩沖液選擇不正確，如緩沖鹽濃度太低、超出有效的緩沖pH值范圍，都可能導(dǎo)致重現(xiàn)性不好的情況。有些對pH值特別敏感的樣品，流動相的pH值的細(xì)微變化都會導(dǎo)致無法重現(xiàn)。這類樣品，在緩沖液選型時應(yīng)特別注意緩沖的的緩沖范圍和濃度，以保證流動相體系能給樣品檢測提供一個穩(wěn)定的pH值。

有些樣品對有機(jī)相的變化特別敏感，這類樣品，建議流動相選擇在線混合。

很多樣品都會因柱溫變化而產(chǎn)生不同的選擇性。因此，如果不用柱溫進(jìn)行控制，會導(dǎo)致樣品因柱溫的變化而產(chǎn)生重現(xiàn)性問題。建議在方法開發(fā)時，對柱溫進(jìn)行±10℃溫度 的耐用性進(jìn)行驗證，如對柱溫變化敏感的，應(yīng)把檢測柱溫列入方法。

此外，還有柱平衡慢，柱超載、儀器故障等問題也會造成方法無法重現(xiàn)。